Vì không có thỏa thuận ràng buộc giữa các quân viễn chinh rằng tất cả đều phải đi thuyền từ Venice nên nhiều người đã chọn để đi thuyền từ cảng khác, đặc biệt là từ các cảng Flanders, Marseilles và Genova. Vào năm 1201 phần lớn quân đội thập tự chinh đã được tập hợp tại Venice, mặc dù quân số lúc này ít hơn dự kiến: 12.000 người thay vì 33.500 người.[14] Người Venezia đã thực hiện một phần của thỏa thuận: họ có tàu chiến Galley, tàu vận chuyển lớn, và tàu vận chuyển ngựa – với trọng tải gấp ba lần số lượng người ngựa mà quân Thập tự chinh có thể tập hợp. Người Venice, dưới sự chỉ huy của Viên Thống đốc Dandolo, người vừa mù vừa cao tuổi, đã không để cho quân viễn chinh lên đường mà không trả toàn bộ số tiền đã ký hợp đồng ban đầu bao gồm 85.000 đồng Mark bạc. Quân viễn chinh chỉ có thể trả một số tiền là 51.000 đồng Mark bạc và chừng đó đã đủ làm cho họ chở nên đói nghèo đến cùng cực. Đây là tai họa với Venezia vì thành phố đã phải dừng các hoạt động thương mại của họ lại trong một thời gian rất dài để chuẩn bị cho chuyến chinh phạt này.[15] Ngoài ra khoảng 20-30,000 người đàn ông (trong tổng số dân cư khoảng 60.000 người của Venezia) đã được tuyển mộ để điều hành toàn bộ hạm đội, đã tạo thêm sự căng thẳng cho kinh tế của Venezia.[16][17]

Dandolo và người Venezia đã thành công trong việc lợi dụng quân thập tự chinh vào mục đích riêng của họ như là một hình thức trả nợ. Sau vụ thảm sát của người Latinh, các thương gia Venezia đã bị trục xuất ở thời cầm quyền của triều đại Angelos với sự ủng hộ của người dân Byzantine.[18] Những sự kiện này đã cho người Venezia có một thái độ thù địch đối với Byzantine. Dandolo, người đã tham gia cuộc thập tự chinh trong một buổi lễ công cộng tại nhà thờ San Marco di Venezia, đề xuất rằng quân viễn chinh nên trả nợ họ bằng cách tấn công bến cảng Zara ở Dalmatia.[19] Thành phố đã nằm trong sự thống trị về kinh tế của Venezia trong suốt thế kỷ 12, nhưng đã trỗi dậy trong năm 1181 và liên minh với vua Emeric của Hungary và Croatia.[20][21][22] Cuộc tấn công sau đó của người Venezia đã bị đẩy lùi và vào năm 1202 thành phố đã trở nên độc lập về kinh tế, dưới sự bảo vệ của nhà vua Hungary.[23]

Nhà vua Hungary là người Công giáo và đã tự mình đồng ý tham gia cuộc Thập Tự Chinh (mặc dù chủ yếu vì lý do chính trị và thực tế ông đã không chuẩn bị để khởi hành). Nhiều Thập tự quân đã phản đối kế hoạch tấn công Zara và một số người, bao gồm cả một lực lượng được chỉ huy bởi Simon de Montfort đã hoàn toàn từ chối tham gia và trở về nhà. Trong khi đại diện của Giáo hoàng đi cùng quân Thập tự chinh, Đức Hồng y Peter của Capua, người thừa kế Giáo hoàng, đã tiến hành một số bước cần thiết để ngăn chặn sự hoàn toàn thất bại của cuộc thập tự chinh này, Giáo hoàng Innôcentê III đã được cảnh báo vì nguy cơ này, thay bằng đi đánh quân Hồi giáo lại quay ra ăn cướp của người Thiên chúa giáo. Ông đã viết một lá thư cho các thủ lĩnh quân thập tự chinh và "đe dọa rút phép thông công".[24]

Trong cuốn The Crusades sử gia Geoffrey Hindley đã đề cập rằng trong năm 1202 Giáo hoàng Innôcentê III cấm quân Thập tự chinh của Thiên Chúa giáo phương Tây có các hành vi tàn bạo những người hàng xóm Kitô giáo của họ, mặc dù ông này vẫn muốn phát huy uy quyền của Giáo hoàng tới Byzantine.[25] Bức thư này đã bị ém nhẹm đi và đa phần binh lính Thập tự chinh đã không được biết đến cho đến sau khi cuộc tấn công được tiến hành. Các công dân của Zara đã cố gắng nhắc nhở một thực tế rằng họ cũng là những đồng bào Công giáo bằng cách treo các lá cờ có đánh dấu thánh giá từ cửa sổ của mình và ở các bức tường của thành phố, tuy nhiên thành phố đã bị thất thủ sau một cuộc bao vây ngắn.[26]

Khi Innôcentê III nghe nói về cuộc bao vây ông đã gửi một lá thư cho quân viễn chinh và tuyên bố rút phép thông công họ và ra lệnh bắt họ phải thực hiện lời thề thiêng của mình và đi đến Jerusalem. Do lo sợ rằng sự kiện này sẽ làm tan rã quân đội, các thủ lĩnh quân thập tự chinh đã quyết định không thông báo về điều này cho binh lính.[27]